Nuestra iglesia sigue la visión doctrinal de la primitiva iglesia Cristiana y de las fórmulas trinitarias históricas de la iglesia occidental. Siendo fiel a las escrituras, toma a la Biblia como verdadera palabra de Dios, palabra que es autoridad para la fe y vida del Creyente. 

La Iglesia Presbiteriana Ortodoxa pertenece a la rama reformada, siendo unos de los grandes mentores de esta reforma Juan Calvino, en Ginebra (Suiza) y John Knox en Escocia, entre otros. Nuestra iglesia sostiene los dos sacramentos instituidos por Cristo: el Bautismo y la Santa Cena, tales nos son descritos y explicados en la Biblia, en la confesión de Fe y en los escritos de Juan Calvino. Los estándares doctrinales tienen basamentos en la Biblia y en la Confesión de fe de Westminster con sus catecismos menor y mayor.  
Como denominación religiosa ha venido participando en el movimiento ecuménico de las últimas décadas. Nuestra posición está centrada en la defensa de las doctrinas bíblicas y son expresadas a través del sistema teológico reformado -ya delineado por Juan Calvino y sus seguidores-, que consideramos el exponente fiel de las Escrituras dado durante el periodo de la reforma y en nuestros días. La Reforma y su doctrina fueron fundamentales en la formación de la Constitución de los Estados Unidos de América y de las democracias de algunas naciones europeas. Dentro de los Estados Unidos, actualmente la Iglesia Presbiteriana Ortodoxa está presente con más de trescientas iglesias a lo largo y ancho de su territorio. 

La I.P.O., es profundamente democrática, y trabaja incansablemente acompañando las legítimas causas sociales y morales de preocupación mundial. A través de los años, nuestra iglesia experimentó un crecimiento lento pero continuo y nos encontramos con misiones diseminadas en distintos lugares del mundo, como en China, Eritrea, Etiopía, Japón, Kenia, Corea, Canadá, Surinam, Uganda, entre otros países. Además debemos agregar nuestras nacientes misiones de Argentina y Uruguay en Sudamérica. 

El sistema de gobierno de la Iglesia Presbiteriana Ortodoxa es una democracia participativa gobernada por Presbíteros (ancianos) electos de y para la congregación. La autoridad de gobierno reside en el cargo que reciben los representantes electos de la congregación de la iglesia. 

La estructura de gobierno se conforma de los siguientes cuerpos:   

Asamblea General: El cuerpo gobernante más alto, compuesto de un número igual de laicos y ministros escogidos de los presbiterios.  

Sínodos: Representantes electos de cada presbiterio de una región que dirigen varios presbiterios.  

Presbiterio: Ancianos y ministros de congregaciones de diferentes iglesias locales. 

Consistorio: Ministros ordenados y Ancianos, todos electos por la congregación, que se encargan del trabajo diario en la iglesia local y supervisa a diáconos, electos para conducir el ministerio de servicio de la iglesia.